Fornlämningar i området visar att Lissma existerat under förhistorisk tid, åtminstone från yngre järnålder. En stensättning ca 100 meter norr om huvudbyggnaden tros kunna vara en rest efter ett nu bortodlat gårdsgravfält.

Äldsta skriftliga belägg på gårdsnamnet är från 1462 (Lyssma).

År 1535 finns här två skattehemman, Norr- och Söderlissma. I slutet av 1600-talet bildas säteriet Lissma. Ägare var biskopen Carl Carlsson i Västerås.

År 1829 såldes Lissma av kung Carl XIV Johan till Otto Julius Hagelstam, överstelöjtnant i arméns flotta, kartograf och kanalbyggare. Han var även pomolog vilket hade till följd att han lät anlägga en park med 500 fruktträd vid gården.

Han inledde utdikningarna och sjösänkningarna i Huddinge något som kom att påverka Huddinges geografi och vägnät betydligt och gör så än i dag. Dessutom påbörjade han ett kanalbygge som skulle sträcka sig från de inre av hans ägor till Årstaviken. Detta projekt blev aldrig genomfört på grund av att ägarinnan till Årsta gård, Märta Helena Renstierna, motsatte sig planerna. En del av det påbörjade kanalbygget kan dock ännu ses i friluftsområdet ovanför torpet Paradiset nära samelägret och Sörmlandsleden vid sjön Trehörningen.
Bland de av hans verk som ännu består återfinns Lännavägen och den nuvarande sträckningen av Södertäljevägen (den gick tidigare i en krok via Vårby gård).

Lissma var under andra världskriget en Sovjetisk konklav där deras mycket stränga militära lagar gällde. Det var ett uppsamlingsläger för sovjetiska soldater, som under kriget flytt ur tysk fångenskap, innan de transporterades tillbaks till Sovjetunionen.

År 1916 styckades egendomen till småbruk. Mangårdsbyggnaden från 1600-talet brändes 1970.

Av den gamla gårdsanläggningen på Lissma återstår rester av park- och trädgårdsanläggningar vid sjön. Ekonomibyggnaderna och en del bostadshus ligger söder om Lännavägen och där bedrivs jordbruk.