Vattenvårdsåtgärder är viktigt för att rena vattnet. Men även för att gynna djuren i området. Genom att skapa slingrande vattendrag, så kallad meandring, av raka diken så uppehåller sig vattnet längre tid på land vilket minskar näringshalterna och belastningen från tätorten till vattendrag och sjöar. För att gynna groddjur, insekter och fåglar har också ett flertal mindre dammar anlagts.

Vattenvårdsåtgärder har genomförts i Lövstadalen, Fullerstaån, Visättradalen, Balingsholmsdalgången och Stensättra. 

Fosforfällning har genomförts i Trehörningen och Orlången. 

Under 2021 genomförs lokala åtgärdsprogram för Magelungen, Långsjön och Drevviken.